Pendant les deux années ordinaires de sa charge, chaque doyen élu écrivait, à la plume et en latin (ou en français pour les transcriptions des arrêts de justice et de certains courriers), le journal de la « très salubre » Faculté de médecine de Paris dans un épais registre. Parmi ses plus précieux trésors, la BIU Santé en conserve la série complète, composée de 24 tomes, couvrant sans interruption une période de quatre siècles (1395 à 1786). Dix-sept d’entre eux sont aujourd’hui disponibles en ligne dans la collection numérique Medic@. Ces volumes ont merveilleusement résisté au temps et procurent à qui s’y plonge, pour les déchiffrer et les traduire, un océan de renseignements sur la Faculté de médecine et sur l’Université de Paris à laquelle elle appartenait.
Au xviie siècle, qui nous intéresse ici, chaque année contenait les Actes de la Faculté, ses Décrets et assemblées, les Affaires de l’Université et les Comptes annuels de la Faculté.
Les Commentaria de Guy Patin sur son décanat (5 novembre 1650-2 novembre 1652) sont les premiers à avoir été entièrement transcrits, traduits, annotés et indexés. Ce travail, jusqu’ici unique en son genre, met en lumière l’intérêt de cette gigantesque collection pour la connaissance historique de la médecine et de l’Université parisienne, mais aussi pour celle de leur insertion dans les événements publics et dans la vie sociale durant l’Ancien Régime.
Les Commentaires de Patin sont bien ancrés dans ses obsessions religieuses (haine des moines et des jésuites, qu’il partageait avec une majorité de l’Université parisienne) et médicales (vive opposition aux innovations, aux empiriques, aux charlatans et aux médecins « étrangers », c’est-à-dire exerçant à Paris mais gradués de Montpellier ou d’ailleurs), et dans les graves événements du temps (guerre civile de la Fronde, souffrance des pauvres, lutte contre le jansénisme).
Ils permettent au lecteur de s’asseoir véritablement sur les bancs de la salle haute des Écoles où se réunissait la Compagnie des docteurs régents pour entendre parler le doyen.