Archiviste paléographe (prom. 2000), agrégé d'histoire, Basile Baudez est maître de conférences en histoire du patrimoine moderne et contemporain à l'Université Paris-Sorbonne depuis 2007.
Sa thèse d'École nationale des chartes a porté sur les premières années de l'Académie des beaux-arts de Saint-Pétersbourg. Son doctorat (Ephe, 2006) a été publié aux Presses universitaires de Rennes sous le titre Architecture et tradition académique au siècle des Lumières.
Il a codirigé aux éditions Nicolas Chaudun en 2010 Les hôtels de la guerre et des affaires étrangères à Versailles et vient de sortir avec Nicholas Olsberg aux éditions Drawing Matter A Civic Utopia. Architecture and the City in France, 1765-1837. Ses recherches actuelles portent sur l'histoire du dessin d'architecture et sur la diffusion de l'enseignement des beaux-arts en Amérique.