Jean-Robert Armogathe est directeur d'études à l’Éphé ; il est titulaire de la conférence d’histoire des idées religieuses et scientifiques dans l’Europe moderne.
Directeur de deux ouvrages collectifs (Le Grand Siècle et la Bible, Paris, Beauchesne, 1989 et Histoire générale du christianisme, 2 vol., Paris, Puf, 2010), il a publié plusieurs volumes sur l’histoire de la philosophie et l’histoire des sciences au xviie siècle, entre autres : La nature du monde. Science nouvelle et exégèse au xviiie s., Paris, PUF, 2007 et L’Antéchrist à l’âge classique. Exégèse et politique, Paris, Mille et Une Nuits-Fayard, 2005 [en italien : Florence, Le Monnier, 2004]). Dernière publication : Descartes, Correspondance, 2 vol., Paris, Gallimard (collectionTel), 2013. Le volume Histoire des idées religieuses et scientifiques dans l’Europe moderne, Turnholt, Brepols, contient, avec les résumés de ses conférences à l’École pratique des hautes études (Éphé) entre 1970 et 2010, une bibliographie scientifique raisonnée (650 titres en 1967 et 2011).
Membre de l’Académie internationale d’histoire des sciences et de l’Accademia ambrosiana de Milan, il est correspondant de l’Académie des inscriptions et belles-lettres.