Après son entrée à l’École nationale des chartes en 1988, Marion Duvigneau a obtenu le diplôme d’archiviste paléographe avec la soutenance d’une thèse sur les journaux d’agriculture pratique dans la France des notables (1824-1848) (prom.1992).
Elle a ensuite exercé en archives départementales (Moselle, Rhône), bibliothèque interdépartementale de prêt (Savoie et Haute-Savoie) et, depuis 2013, en archives municipales et métropolitaines, à Nice.
Elle est membre du conseil supérieur des Archives.